Nach seinem Abitur begann Stephan Stachorski zunächst ein Studium der Chemie, das er jedoch zugunsten eines Neigungsstudiums der Germanistik, Philosophie und Geschichte an der Universität Mainz bald abbrach. Im Fach Germanistik konzentrierte er sein Studium unter anderem auf die Veranstaltungen von Professor Hermann Kurzke, bei dem er Gelegenheit hatte, sich intensiv mit dem Werk Thomas Manns zu beschäftigen, und bei dem er 1994 sein Magisterexamen ablegte. Er blieb auch über sein Examen hinaus der Universität Mainz als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Deutschen Institut wie auch durch eigene Lehrveranstaltungen zur neueren deutschen Literatur verbunden. Als wissenschaftlicher Mitarbeiter von Hermann Kurzke wurde er von einem international ausgewiesenen Thomas Mann-Spezialisten mit den Ergebnissen und Problemstellungen der vergangenen und gegenwärtigen Forschung intensiv vertraut gemacht. Diese Spezialisierung sollte er für den Rest seines Forscherlebens nicht nur beibehalten, sondern durch eigenständige Forschungen, vor allem aber durch seine umfangreiche Mitarbeit an editorischen Projekten zum Autor weiterverfolgen und damit einen bedeutenden Beitrag zur Forschung leisten. Er hat an herausragenden Editionen der Großen Kommentierten Frankfurter Ausgabe von Thomas Mann entscheidend mitgearbeitet und in der Zusammenarbeit mit bedeutenden Literaturwissenschaftlern wie Dieter Borchmeyer, Heinrich Detering, Hans Rudolf Vaget, Eckhard Heftrich, Ruprecht Wimmer und Jan Assmann auch den Kontakt zur international führenden Forschung immer wieder erneuert und erweitert. Mit der sechsbändigen Ausgabe von Thomas Manns Essays, die zu einem Standardinstrument der Forschung geworden ist, hat er neben dem Herausgeber sich selbst ein kleines Denkmal gesetzt.

Vier Jahre lang arbeitete Stephan Stachorski als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Göttingen mit Heinrich Detering zusammen, und im Februar 2015 wurde ihm die Ehrendoktorwürde des Fachbereichs 05 der Universität Mainz als besondere Anerkennung seiner wissenschaftlichen Tätigkeit vor allem auf dem Gebiet der Thomas Mann-Forschung verliehen.

Stephan Stachorski litt seit Jahrzehnten unter einer schweren strukturellen Erkrankung, die ihn große Kraft kostete und die seine wissenschaftliche Leistung umso beeindruckender erscheinen lässt. Er starb am 10. November 2025 in seiner Wohnung in Mainz-Finthen im Alter von 58 Jahren. Die germanistische Literaturwissenschaft und die Thomas Mann-Forschung verliert in ihm einen bedeutenden Mitarbeiter und Kollegen.